Para além de assegurar toda a documentação que se afigure necessária para a realização deste evento, a Presidência acompanha e direciona cada um dos 5 departamentos em conjunto com os respetivos coordenadores, estando constantemente ao corrente do trabalho desenvolvido pelos mesmos. A Tesoureira tem ainda a responsabilidade acrescida no que toca às contas do evento.
O departamento Pedagógico está encarregue de organizar os momentos educativos e científicos do evento. Tendo em conta as várias áreas abordadas pela Engenharia Biomédica, este departamento procura selecionar os oradores, workshops, visitas, palestras e roundtable mais relevantes para todos os estudantes.
O departamento Logístico é responsável pela organização do programa do evento, pelo alojamento dos participantes, pelo transporte dos mesmos entre os alojamentos, faculdades e outras deslocações previstas e pelas refeições não excecionais ao evento, as quais incluem almoços e coffee breaks. Está também encarregue da escolha dos locais para a realização dos momentos de cariz pedagógico, da receção dos participantes e do acompanhamento dos mesmos no decorrer do XX ENEEB.
As principais responsabilidades do departamento de Relações Externas passam por reunir uma base de contactos de entidades interessadas em patrocinar o evento a nível científico, material, monetário ou mesmo institucional. Para além disso, este departamento elaborou a melhor estratégia para abordar essas mesmas entidades apresentando uma descrição do evento bem como um plano comercial com um conjunto de packs disponíveis para patrocínios.
O departamento de Imagem e Comunicação está encarregue da divulgação do evento nas plataformas disponíveis, da elaboração do website, do design de um logótipo original e de todo o tipo de merchandise. Este departamento é responsável pela constante comunicação entre a COENEEB e os participantes durante o evento, pela elaboração de um vídeo de apresentação da cidade de Coimbra e de um aftermovie.
O departamento Sociocultural tem ao seu encargo todas as atividades lúdicas e momentos de lazer do evento. Deste modo, a equipa é responsável por organizar não só atividades que promovam a interação entre os participantes, as quais incluem um sunset, um jantar de curso e ainda um jantar de gala, como também atividades dinâmicas pela cidade de Coimbra, como por exemplo um Peddy Papper.
